世祖病危之前，显然已意识到身后帝位继承问题上的层层阴霾。三十年十二月，他驿召待命大同的伯颜回朝。看来他决心循用中原王朝以顾命大臣宣布遗诏的故事，来实现自己的意志。这时的中书右丞相完泽虽然曾任詹事府首任长官，是真金旧人，但他是一个典型的圆滑世故的官僚，很难期望会有刚毅果敢的作为;而伯颜是平宋战争的主帅，这时又以知枢密院事掌天下兵权，所以最终被忽必烈选为"扬命群王"的代言人。三十一年正月，伯颜抵达大都。自是他与中书平章政事不忽木便始终不离世祖左右。十天后世祖病死，二人遂以顾命大巨的身份控制朝廷，由伯颜"总百官以定国论";由不忽木主持引枢北葬等治丧事宜。现存史料完全没有提到南必皇后在这一时期的行动。但这时发生的传国玉玺事件表明，南必似乎并不甘心束手就范。她与顾命大臣之间可能经历了一场心照不宣的激烈较量。

至元三十一年年初，木华黎后人持一玉石求售，经鉴定竟是秦以来历代相传、刻有"受命于天，既寿永昌"玺文的传国玉玺。因此，在世祖"宫车晚出之后甫八日，传国神宝不求而出于大功臣子孙之家，速由台谏耳目之司，直达于皇太妃(按指真金妃)御前"。这件事，很可能是伯颜及其支持者们精心安排的，藉此把帝位将归于真金系的定策抢先昭示天下，以正视听;同时也可以预防南必通过扣留世祖御印来干预选君。此后两个多月，伯颜执朝政，"守正体"一如平日，等待铁穆耳从北边南返。

四月初，铁穆耳和随同出征的知枢密院事、御史大夫玉昔帖木儿(博尔术的嫡孙，孛栾台之子)赶回漠南。玉昔帖木儿立即成为临时执政集团最核心的成员之一。右丞相完泽不得预议机密，只好结托真金妃打听消息。真金妃召伯颜、不忽木和玉昔帖木儿探问，却受到玉昔帖木儿的一顿抢白。这时候，与铁穆耳竞争帝位的最强有力的对手，应是他的胞兄、真金长子、出镇岭北的晋王甘麻剌。玉昔帖木儿先发制人，在宗亲合议前私下逼迫甘麻剌说:"宫车晏驾，已逾三月。神器不可久虚，宗祧不可乏主。畴昔储闱符玺既有所归，王为宗盟之长，奚俟而不言。"甘麻剌虽然勉强表态:"皇帝践祚，愿北面事之。"但他内心终究仍有些不服。后来经真金妃提议，命兄弟两人当众比赛诵读祖宗宝训，优胜者为大汗。甘麻剌因口吃，竞赛失败。至此，亲王间犹有违言者。"伯颜握剑立殿陛，陈祖宗宝训，宣扬顾命，述所以立成宗之意，辞色俱厉。诸王股栗，趋殿下拜。"铁穆耳终得以继位为帝，由真金妃亲手授以新发现的传国玉玺，并于四月十六日正式登基，是为成宗。也直到这时，他的拥立者们才如释大负。玉昔帖木儿说:"大事既定，吾死且无憾。"伯颜则表示只愿"与诸王饮于宫前，余非所知也"。南必皇后也参加了上都选汗大会。她与顾命大臣的冲突，尚未发展到你死我活的程度，所以后来一直受后代祭祀。朝会结束后甘麻剌返回漠北晋王邸，洁实弥尔奉太后命送他就国。一路上，洁实弥尔"亹亹俱道太祖皇帝、世祖皇帝宏模远范，及往古近代所行善行美德可法可监者。显宗然之，赐衣一。公还白，太后大喜。成宗曰:'汝善处吾兄弟之间'。"这段史料表明，铁穆耳和甘麻剌确因汗位之争曾有不快，这在当时并不是什么秘密。

据《元史》卷一三0《不忽木传》，真金妃召三人问事是在世祖弥留之际。玉昔帖木儿答曰:"臣受顾命，太后但观臣等为之。臣若误国，即甘伏诛。宗社大事，非宫中所当预知也"。惟据玉昔帖木儿碑传，他随铁穆耳镇北，直到"鼎湖上仙"，才"奉銮驭而南"。因此真金妃召问三人之事，只能发生在铁穆耳南还之后。

甘麻剌究竟是否与铁穆耳同出一母，史文颇有含糊之处。

顾命大臣伯颜和不忽木受完泽忌恨，似未重用。玉昔帖木儿仍守漠北。其他朝臣，则大多为世祖末年择定人选。

成宗即位翌月，即决定罢征安南，将年前被忽必烈拘留的安南国陪臣陶子奇释放回国，遣使持诏抚慰;同时将至元三十年任命的安南行省平章刘国杰改授为湖广行枢密院副使。大德二年(1298)，臣下用兵日本的建议被成宗拒绝。在西域方面，元军防线到大德中叶也稍事退缩，从火州撤至哈密，以期减少西北藩王对岭北的侵扰。在此前后，广西洞寨骚乱，帅臣建言征讨，枢密院已奏准发兵，廷议后仍追回成命，遣人招谕。元贞、大德中叶以前，从江南海运漕粮入京，每年仅四十万石到七八十万石不等，当时漕运能力已达每年百万石以上。漕粮减额北运的主要原因，是"京畿所储充足"。可见中原农业经济当时相对稳定。在南方，自平宋以后，一时间新政未孚，"如大病始愈，必有余疾，此才已而彼又见";"新官莅任，数有重难之役，并缘侵渔豪横吞噬之徒，又乘间而出，短于支拄者，率身陨家毁"。直到元贞、大德年间，这里的局势才逐步澄清，"世道清平，人获休息"。完泽为相，虽然尚苟且而不图进取，但在当时情况下，他凡事"处之以安静"，毕竟还是收到了一定的成效。时人称赞最初举荐完泽的燕公楠(北宋礼部侍郎燕肃七世孙)"一荐完泽，天下享和平清静之乐余十五年"。由是可见元贞大德的"守成"政治在当时人心目中的估价。