元惠宗至正二十八年（明太祖洪武元年，公历1368年)夏，朱元璋遣将领徐达、常遇春率军北征，七月抵达通州，元惠宗令淮王帖木儿不花监国，携后妃、太子、公主自健德门出城北逃，前往上都避难。至正二十八年八月初二（1368年9月14日），明军攻陷大都齐化门，由此入城。明太祖将大都改名为北平。

由于元大都故城北居民稀少、地势空旷，在防守时城上军人无可依托，因此徐达在攻城后不久，即于洪武元年（1368年）在城中偏北部增建一道土垣，将城垣变为“日”字形布局，使北段城墙靠近居民密集区，战时守城士兵可以从容筹画衣食。由于新筑城墙西端正值河床，因此自今德胜门以西处向西南倾斜，造成明清北京城池西北缺角的格局。洪武四年（1371年）将此段新城墙以北的元大都城垣废弃，原来北城墙上的安贞门和健德门，以及东、西城墙上最北边的光熙门和肃清门也一并废弃。这四门的城楼，以及被划在城外的官署、住宅尽被拆除。

但是，元大都北城垣虽被废弃，但并未被拆除，而是仍然起到拱卫城池的作用。直至嘉靖朝俺答之变时，在土城（尤其是改名“德胜门外土关”的健德门附近）仍有明军驻守。北平此后为燕王朱棣驻地，其城市格局在明初的五十余年中没有变化。永乐四年朱棣迁都北京后，将北京城南墙南移二里，原元大都南城垣亦未完全拆除，而是任其自行湮灭。至明朝末年，元大都南城垣已经被剥蚀为数座土丘，并被称以“下岗”、“上岗”之名。至清朝，大都南城垣遗迹已完全消失。